Sau bão lũ, nhiều vùng nước ngập bị ô nhiễm nặng bởi nước thải từ hệ thống cống rãnh, các công trình vệ sinh, chuồng trại và xác động vật phân huỷ khuếch tán vào nước. Nước bẩn làm ô nhiễm đất, không khí, cây trồng, vật nuôi. Từ đó, phát sinh nhiều dịch bệnh nguy hiểm lây truyền qua đường tiêu hoá...